Bağışıklık sistemi, bir canlıdaki hastalıklara karşı koruma yapan, patojenleri ve tümör hücrelerini tanıyıp onları yok eden işleyişlerin toplamıdır.
Sistem, canlı vücudunda geniş bir çeşitlilikte, virüslerden parazitiksolucanlara, vücuda giren veya vücutla temasta bulunan her yabancı maddeye kadar tarama yapar ve onları, canlının sağlıklı vücut hücrelerinden ve dokularından ayırt eder. Bağışıklık sistemi, çok benzer özellikteki maddeleri bile birbirinden ayırabilir, örneğin; bir amino asidi farklı olan proteinleri bile birbirinden ayırabilecek özelliğe sahiptir. Bu ayrım, patojenlerin konak canlıdaki savunma sistemine rağmenenfeksiyon yapmaları için yeni yollar bulmalarına, bazı uyumlar sağlamalarına neden olacak kadar karmaşıktır. Bu mücadelede hayatta kalmak için patojenleri tanıyan ve onları etkisizleştiren bazı mekanizmalar gelişmiştir. Doğadaki tüm canlılar kendilerinden olmayan doku, hücre ve moleküllere karşı savunma sistemlerine sahiptirler. Hatta bakteriler gibi basit tek hücreli canlılarda da onları viralenfeksiyonlara karşı koruyan enzim sistemleri bulunur. Yüksek canlılardaysa çok daha karmaşık bir bağışıklık sistemi vardır. Omurgalılarda bağışıklık sistemi özel işlevlere sahip çok sayıda farklı hücre ve molekül içermektedir.
Geçmiş çağlardaki ökaryotik canlılarda diğer basit bağışıklık mekanizmaları gelişmiş ve günümüzdeki bitkiler, balıklar,sürüngenler ve böcekler gibi torunlarına miras kalmıştır. Bu mekanizmalar,defensinler olarak adlandırılanantimikrobiyal peptidleri, fagositleri vekompleman sistemi kapsar. Daha tecrübeli sistemler omurgalıların evrimiyle, nispeten yakın zamanda gelişmiştir. [1]İnsan gibi omurgalılardaki bağışıklık sistemleri dinamik işleyiş sırasında birbirlerini etkileyen, seçilmiş proteinlerin,hücrelerin, organların ve dokuların bazı çeşitlerinden oluşur. Daha karmaşıkbağışıklık yanıtının bir parçası olan omurgalıların sistemi, zamanla patojenleri daha etkili tanımaya uyum sağlamıştır. Uyum süreci bağışıklık belleğini yaratmış ve bu da patojenlerle gelecek karşılaşmalarda daha etkili bir koruma sağlamaya izin vermiştir. Edinilmiş bağışıklığın bu süreci aşılamanın temelini oluşturmaktadır.
Bağışıklık sistemindeki bozukluklar hastalıklara neden olabilir. Bağışıklık yetmezliği hastalıkları, bağışıklık sistemi normalden daha az etkin olduğunda meydana gelir, tekrarlayan ve yaşamı tehdit eden enfeksiyonlarla sonuçlanır. Bağışıklık yetmezliği ayrıca X-SCID gibi genetik hastalıkların bir sonucu ya dafarmosötikler veya HIV retrovirüsünün neden olduğu AIDS gibi bir enfeksiyonun sonucu olarak da görülebilir. Buna zıt olarak, kendinebağışık (otoimmün) hastalıklar, normalden fazla etkin olan bir bağışıklık sisteminin, vücudun kendi dokularını yabancı olarak algılayıp, onlara saldırmasıyla sonuçlanır. Yaygın kendine bağışık hastalıklar; romatoid artrit, diyabet tip 1 ve sistemik lupus eritematozus'dur.
Bağışıklık sistemi, eski çağlardan bu yana ilgi çeken bir konu olmuş, insanlar tarih boyunca bazı bağışıklık yöntemleri bile geliştirilmiştir.
Günümüzde bağışıklık sisteminin çok geniş ölçüde aydınlatılabildiği söylenebilir, bu sistemi oluşturan unsurlardan, hastalıkların tanı ve tedavisinde geniş ölçüde yararlanılmaktadır. Günümüzde "bağışıklık bilimi" olarak bilinen "immünoloji", Eski Roma’da askerlikten muaf (korunmuş) asillere denilen immunitas sözcüğünden gelmektedir. İmmünoloji günümüzdeki rolüyle bilimsel çalışmalarının oldukça önemli alanlarını oluşturmaktadır.